육아휴직 연말정산 방법 총정리 (2026 최신)

육아휴직을 하다 보면 “나는 회사 급여가 없는데 연말정산을 해야 하나?”, “휴직한 달 자료는 빼야 하나?”, “아이 둘이면 부양가족은 누구 쪽으로 올리는 게 유리하지?” 같은 고민이 한꺼번에 몰려옵니다. 특히 연말정산은 한 번 실수하면 과다공제(가산세)나 환급 누락으로 이어질 수 있어 더 불안하죠. 이번 글에서는 육아휴직 중/후 연말정산을 ‘어떤 달을 선택해야 하는지’, ‘어떤 서류를 내야 하는지’, ‘자녀가 둘일 때 공제 전략’까지 실제로 헷갈리는 지점을 중심으로, 2026년(2025년 귀속 연말정산 시즌) 기준으로 깔끔하게 정리해 드립니다. (※ 본문은 일반적인 근로자 기준으로 작성)

1) 먼저 결론: “육아휴직급여”는 연말정산에서 어떻게 취급될까?

대부분의 육아휴직자는 고용보험에서 받는 육아휴직급여가 핵심인데요.

• 「고용보험법」에 따라 받는 육아휴직 급여(및 육아기 근로시간 단축 급여 등)는 ‘비과세’로 규정되어, 일반적으로 연말정산의 총급여(과세대상 근로소득)에 포함되지 않는 방향으로 처리됩니다.

즉, 휴직 기간에 회사에서 과세급여가 없고(무급), 고용보험 육아휴직급여만 받았다면 그 기간은 “세금 정산할 과세급여” 자체가 적거나 없을 수 있어요. 다만 그 해에 ‘회사에서 받은 과세급여(복직 후 급여, 상여 등)’가 있다면 그 급여를 기준으로 연말정산을 진행하게 됩니다.

2) 육아휴직 중 연말정산, “누가/언제” 해주나요? (케이스별 정리)

A. 같은 회사에 재직 중(육아휴직 상태 포함)이라면

• 보통 12월 31일 기준 재직 중인 회사가 다음 해 1~2월에 연말정산을 해줍니다.
• 육아휴직 중이라도 “재직자”면 회사에서 연말정산 대상자로 처리하는 경우가 많습니다(회사 시스템/급여 처리 방식에 따라 다름).

B. 육아휴직 중 퇴사/이직했다면

• 연말정산 시즌에 회사가 정산을 못 해주거나(중도퇴사 정산) 공제가 반영되지 못할 수 있어, 이 경우는 보통 다음 해 5월 종합소득세 신고로 정리하는 흐름이 자주 발생합니다. (이때 원천징수영수증이 중요)

3) 가장 많이 헷갈리는 포인트: “육아휴직하던 달” 자료는 어떻게 선택해야 하나요?

1) 홈택스 간소화에서 “월 선택”이 왜 중요하냐

국세청은 신규 입사자/중도 퇴사자는 근무기간(근로제공기간)에 따라 공제 가능한 항목이 달라서, **간소화 자료를 ‘월별로 선택’**하도록 안내합니다.

여기서 육아휴직자는 딱 중도퇴사자는 아니지만, 실무적으로는 “그 해 과세급여가 발생한 기간(급여 받은 달)” 중심으로 정리하면 실수가 크게 줄어듭니다.

2) “그럼 휴직 달은 다 빼야 해요?”

정답은 이렇게 생각하면 편합니다.

• 회사에서 과세급여가 나온 달이 있다 → 그 달을 중심으로 정산
• 육아휴직으로 회사 급여가 0원(무급)이고, 육아휴직급여(비과세)만 받은 달 → 공제를 넣어도 환급에 영향을 못 줄 수 있음(세금 자체가 없으니까)
• 다만, 항목에 따라 근무기간과 무관하게 연간 납입액 기준으로 공제되는 것이 있어요. 국세청 Q&A 자료에서는 월을 선택하더라도 국민연금/연금저축/퇴직연금/기부금 등은 연간 금액이 조회된다고 정리합니다.

3) “근로제공기간에 지출한 것만 공제”되는 대표 항목(주의!)

국세청 Q&A 문서 기준으로, 아래 항목들은 근로제공기간 중 지출분만 공제되는 대표 유형입니다.

• 보험료(보장성 보험료 등), 의료비, 교육비
• 신용카드/체크카드/현금영수증 사용액
• 월세액 공제
• 주택자금 관련 공제(주택임차차입금, 장기주택저당차입금 이자 등)
• 주택청약(주택마련저축) 등

➡️ 육아휴직으로 근로제공기간이 사실상 없는 기간이 길다면, 위 항목을 “연간 전부”로 넣는 방식은 과다공제 위험이 될 수 있어요. (회사/세무 담당자가 근무기간을 입력·검증하는 과정에서 조정되기도 합니다.)

4) 회사에 제출하는 서류: “전월 다 내야 하나요?” 체크리스트

기본 제출(대부분)

1. 연말정산 간소화 자료(PDF 출력 또는 간편제출)

• 국세청은 간소화 자료 조회/제출 절차를 안내하고 있고, 편리한 연말정산(간편 제출)에서도 진행 가능합니다.

1. 부양가족 자료제공 동의(배우자/부모/자녀 자료가 안 보일 때)

• 가족 자료가 조회되지 않으면, 보통 홈택스에서 자료제공 동의 절차가 선행돼야 합니다(특히 배우자 자료).

1. 추가 증빙(간소화에 안 잡히는 항목)

• 기부금 영수증(간소화 연동 안 된 기관), 안경구입비/교복구입비 등 일부 항목, 월세 계약서/이체내역 등 회사 요청 서류

“전월 다 내야 하나?”에 대한 실무 답

• 원칙적으로는 공제 가능한 기간/요건에 맞는 자료를 내는 게 핵심이고,
• 홈택스에서 월별 선택 기능이 제공되는 이유도 “근무기간 외 지출분 과다공제 방지”입니다.

➡️ 따라서 “전월 다 무조건”보다는, 본인 케이스(실제 근로 제공/급여 발생 여부)에 맞춰 정리하는 게 안전합니다.

5) 자녀가 둘이면 부양가족은 어떻게 하는 게 좋을까? (전략 가이드)

1) 기본 원칙: 자녀 기본공제는 “부부 중 1명만”

같은 자녀를 남편/아내가 중복으로 기본공제받을 수는 없습니다(한 명만 선택).

2) “누가 가져가면 유리?” 실전 기준 3가지

1. 세율이 높은 쪽(과세소득이 큰 쪽)이 가져가는 편이 유리한 경우가 많습니다.
2. 다만, 공제 항목별로 한도/최저사용요건(카드 공제 등)이 달라서,
3. 의료비/교육비/카드 사용액이 어느 쪽 명의로 더 많이 잡히는지를 같이 봐야 합니다.

3) 자녀세액공제(자녀가 많을수록 커짐)도 체크

자녀 관련 세액공제는 제도 변화가 잦아서 “내 연도 기준 금액” 확인이 중요합니다. 국세청은 자녀 관련 세액공제(출산·입양 공제 등) 내용을 별도로 안내하고 있습니다.
(※ 자녀 나이/요건·공제금액은 귀속연도에 따라 달라질 수 있어, 연말정산 시즌에 국세청 안내를 기준으로 최종 확인하세요.)

6) 육아휴직 중/후 연말정산 ‘전체 흐름’ 한 번에 정리

STEP 1. “그 해 내 소득 구조”부터 확정

• 회사 과세급여: 1~12월 중 급여 나온 달/총액
• 고용보험 육아휴직급여: 비과세(총급여에 통상 미포함)
• 기타 소득(프리랜서, 임대 등) 여부

STEP 2. 홈택스 간소화 자료에서 “내 케이스에 맞게 월/항목 정리”

• 근로제공기간에 따라 공제 가능한 항목은 특히 조심(의료비/교육비/카드/월세 등)

STEP 3. 부양가족(배우자/자녀) 자료 제공 동의 처리

• 자료가 안 뜨면 동의가 안 된 경우가 많습니다.

STEP 4. 회사 제출(간편 제출 or PDF 제출) + 추가 증빙

• 회사의 마감일에 맞춰 제출(회사마다 상이)

STEP 5. 복직/퇴사 여부에 따라 “마무리 방식” 결정

• 재직자: 회사가 2월 급여 등에 반영
• 중도퇴사/미정산: 5월 종합소득세 신고로 정리될 수 있음(원천징수영수증 확보)

7) 자주 묻는 질문(FAQ)

Q1. 육아휴직만 했고 회사 급여가 거의 없는데, 연말정산 하면 환급되나요?

회사에서 원천징수된 세금이 거의 없다면 환급도 제한적일 수 있어요. 육아휴직급여 자체는 비과세로 분류되는 방향이라(과세급여에 통상 미포함), 정산할 “세금 풀”이 작아질 수 있습니다.

Q2. 휴직 달 카드 사용/의료비를 다 넣으면 안 되나요?

근로제공기간에 지출한 금액만 공제되는 항목들이 있어(의료비/교육비/카드/월세 등) 과다공제 이슈가 생길 수 있습니다. 국세청 Q&A에서도 근무기간과 관련된 공제 항목을 따로 정리하고 있어요.

Q3. 아이가 둘이면, 자녀 공제는 남편/아내가 각각 1명씩 나눠 가지는 게 좋아요?

정답은 “케이스마다 다름”입니다.

• 소득이 큰 쪽이 몰아서 받는 게 유리할 때도 있고,
• 카드/의료비/교육비가 어느 쪽 명의로 많이 잡히는지에 따라 나누는 게 유리할 때도 있어요.
  가능하면 예상세액 계산으로 시뮬레이션을 돌려보는 게 가장 정확합니다.

Q4. 배우자가 육아휴직 중이면 배우자를 내 부양가족으로 올릴 수 있나요?

배우자 기본공제는 소득요건 등 요건 판단이 필요합니다(과세소득/총 급여 기준 등). 육아휴직급여는 비과세로 분류되는 방향이므로, 배우자 소득 판단 시 “무조건 소득 있음”으로 단정하기보다 그 해 배우자의 과세소득(총 급여 등)을 기준으로 확인하는 게 안전합니다.

8) 육아휴직 연말정산 실수 TOP 5

1. 근로제공기간 요건이 있는 항목을 연간 전부로 넣기(카드/의료비/교육비/월세 등)
2. 부양가족 자료제공 동의 누락으로 공제 누락
3. 중도퇴사/이직 후 원천징수영수증 미확보
4. 자녀 공제를 부부가 “서로 될 줄 알고” 분산했다가 한도/요건 때문에 손해
5. “육아휴직급여도 소득이니 과세겠지”라고 오해(비과세 분류 방향)

마무리

육아휴직은 몸과 마음이 가장 바쁜 시기에 받는 권리인데, 연말정산까지 복잡하면 괜히 “내가 뭘 잘못한 건가” 불안해지기 쉽습니다. 하지만 핵심은 단순합니다. 육아휴직급여는 과세급여와 성격이 다르고(비과세 분류), 연말정산은 결국 ‘내가 그 해에 과세급여가 얼마나 있었는지’와 ‘공제 항목을 요건대로 냈는지’로 정리됩니다. 이 글대로만 체크해도 “휴직 달은 어떻게 처리하지?”, “아이 둘 공제는 누구 쪽이 유리하지?” 같은 불안이 훨씬 줄어들 거예요.

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